ギャン泣きしている赤ちゃんではデータの信頼性が乏しくなるため、基本的におとなしくしているかスヤスヤ寝ている新生児のSpO₂が有用なデータとして用いられるべきなのは容易に想像できると思います。この論文はResearch letterなので文章がとても少ないです。
　小児では2500mを超える場所で睡眠をとらないよう方がよいとされています。なお、機内の気圧は高度2000m程度と同じになるように与圧されています。

Mansi Khanna, et al.
Evaluating hypoxia during air travel in healthy infants
Thorax doi:10.1136/thoraxjnl-2013-203905

背景：
　航空機内では、低出生体重時ではSpO₂の低下を招くことが知られている。酸素補充の必要性を考慮する上で、低酸素試験：hypoxia challenge test (HCT)が推奨されているが、健康な新生児における報告はない。

目的：
　新生児（生後2.3–44.6週）において、航空機内の低酸素への反応とHCTについて検討した。

結果：
　航空機へ搭乗する前に、新生児24人（男児15人）がHCTを受け、SpO₂を測定された。フライト中のSpO₂最低値の中央値は87％であり、HCTにおける最低値の92％よりも有意に低かった（p < 0.001）。
　複数のフライトを経験した6人におけるSpO₂を詳細に記録した。
（文献より引用）
　
　その結果、ばらつきが非常に大きかったが、中にはSpO₂が85％を下回ったフライトもあった（20％）。

結論：
　航空機内における新生児のSpO₂が85％を下回ることは時に起こりうる。また、HCTはこれを予測することが難しい。